О важности самопроверки
Данный пост, в первую очередь, написан для студентов, так как старшие и так все это (надеюсь) понимают. Однако мы рассмотрим и как эту самую самопроверку можно автоматизировать через OdanChem.
Примерно все, чья работа связана с органическим синтезом, сталкиваются с необходимостью описать свои результаты. Ключевой вопрос — как доказать, что вы синтезировали то, что заявляете? Довольно часто стандартной практикой является подход "джентльменам в нашем клубе верят на слово". Если вы утверждаете, что вы что-то сделали, и при этом приводите что-то, что напоминает доказательства этого, то по умолчанию вам верят. А проверить ваши доказательства — это задача рецензентов. При этом, естественно, предполагается, что ваш авторский коллектив все тщательно проверил перед отправкой работы, так как качество ваших данных — это ваша репутация.
Что может быть адекватным доказательством структуры синтезированной вами молекулы?
1) X-Ray. Самый надежный метод, но в органике редко когда реализуется массово. Пока что это не рутинный метод.
2) Если вещество уже ранее кем-то было описано, то достаточно зарегистрировать хотя бы два спектра разного типа (как правило, ¹Н и ¹³С ЯМР), сравнить их с описанием от коллег, сослаться на них, и написать кодовую фразу "Спектр соответствует литературному [ссылка]".
3) Если вещество новое — нужно вдобавок к ¹Н и ¹³С ЯМР зарегистрировать что-то, что докажет элементный состав. Это элементный анализ или HRMS.
Помимо структуры важно доказывать чистоту. И это более сложный и реже полноценно проверяемый параметр. Полноценное доказательство чистоты — это совпадение физических свойств вашего вещества с литературными. Например, соответствие температуры плавления/кипения или показателя преломления. Кроме того, чистоту можно подтвердить результатами элементного анализа или ВЭЖХ. А в ЯМР не должно быть лишних сигналов.
Но здесь возникает серия проблем:
1) У рецензента часто нет времени детально изучать ваши спектры. Это, как правило, профессор, который изучит статью, но детально перепроверять спектральные данные он не будет.
2) Corresponding Author вашей статьи, очевидно, уделит этой работе гораздо больше внимания, но сверять положения химических сдвигов будет в достаточно редких случаях. Он, естественно, объяснит как должно быть, но сделать все хорошо — задача исполнителя)
3) Исполнитель, по идее, должен аккуратно вычитать все спектры, проверить, что в каждом ЯМР спектре нужное число сигналов, они обладают нужной интенсивностью и мультиплетностью. Что найденное в HRMS m/z адекватно соответствует предполагаемому составу, что в спектрах нет "подлеска" сигналов, а еще, что спектр реально сходится с описанным в литературе.
К сожалению, адекватная проверка происходит не всегда. Все три уровня контроля периодически игнорируют необходимость проверки, и, в результате, в литературе публикуются ложные данные. Вплоть до того, что авторы заявляют один продукт, а на самом деле они выделили исходник.
Мы же предлагаем вам на сегодняшний момент 2 инструмента для автоматизации. А в ближайшее время порадуем и другими.
Сейчас вы можете воспользоваться:
1) Поиск по ¹³С ЯМР. Как мы ранее, поиск по ¹Н ЯМР часто неточный. Но, если у вас не новая молекула, вы зарегистрировали ¹³С ЯМР спектр, описали его, ввели описание в https://odanchem.org/spectrum-search, и у вас нашлась ваша молекула, то все хорошо, и ссылаться надо на ту публикацию, в которой был описан найденный спектр. Такой подход гарантирует, что положения сигналов в спектрах действительно соответствуют друг другу.
2) Встроенная в https://lab.odanchem.org/ автопроверка ЯМР в инвентаре и экспериментах. Она делает полноценную проверку того, насколько ваша молекула соответствует вашему спектру, сверяет с литературой, показывает ошибки в мультиплетностях, интенсивностях и положениях сигналов. Как это работает — показано на видео, а позже будет подробный пост.
Еще в ближайшее время у нас появится полноценная система для автопроверки Supporting Information, работающая по схеме: загрузи .pdf → получи отчет о проверке. Так сказать, не переключайтесь. Анонс будет тут!
